1050 r. – według tradycji wzniesienie pierwszego kościoła. Za pierwszego proboszcza uchodzi św. Stanisław ze Szczepanowa. Z kościołem tym związana została legenda, po raz pierwszy zapisana przez Długosza, iż na wieży murowanej już wówczas świątyni, miała schronić się przed zbuntowanymi sługami Małgorzata – małżonka Mikołaja z Żębocinia (działo się to w czasie zamieszania jakie ogarnęło kraj za wyprawy kijowskiej Bolesława Śmiałego). Z legendą tą związano z czasem niewielkie pomieszczenie nad prezbiterium – nazywane dzisiaj izdebką Małgorzaty.
1325 – 1327 r. – pierwsze pewne wzmianki o istnieniu parafii. Są to wykazy świętopietrzy w których wymieniony został Stanislaus, plebanus ecclesie de Zamboczin (tłum. Stanisław, proboszcz kościoła w Żębocinie).
1403 r. – spór pomiędzy Jakuszem Łońszczą z Kowali a Katarzyną Szczeciną z Krakowa, jako zachodźca (tłum. obrońca, zastępca) tego pierwszego występuje niejaki pleban Michał z Żębocina.
1444 r. – wyznaczono dziesięcinę na rzecz kościoła w Żębocinie z pięciu wsi wchodzących w skład parafii żębocińskiej.
1595 r. – wzmianka w akcie wizytacyjnym o istniejącym kościele mrowanym pw. św. Stanisława i Małgorzaty w Żębocinie.
1610 r. – kościół murowany z ceglaną podłogą, zakrystią, dzwonnicą. W akcie wizytacyjnym wizytatorzy nakazują wymianę przebudowę okien. Wzmiankuje się, że w kościele znajduje się tabella antiqua de consecracionis Ecclesiae per glorio rum pontificem et martiorium inditum S. Stanislum Episcopum Crac. Facta Anno 1496 conscripta (tłum. Tablica antyczna poświęcona konsekracji kościoła ku chwale biskupa i męczennika św. Stanisława, biskupa krakowskiego, dokonana roku 1496).
1614 r. – 14 grudnia kościół został konsekrowany, niewątpliwie ponownie, przez biskupa krakowskiego Waleriana Lubienieckiego, co nastąpiło na zakończenie prac restauracyjnych budynku.
1618 r. – wizytacja z informacją o prawie patronatu księcia Janusza Ostrogskiego, a proboszczem był Wawrzyniec. Fara pw. św. Stanisława opisana została jako murowana tota tectudineata (tłum. całkowicie zakryta), z ogrodzonym cmentarzem, dzwonnicą z trzema dzwonami i czwartym dzwonem zawieszonym in ecclesia (tłum. na kościele), chodzi zapewne o sygnaturkę.
1648 r. – akt wizytacyjny opisuje bardzo zły stan kościoła.
1664 r. – po raz pierwszy pojawia się informacja o wieży i o dzwonnicy z trzema wielkimi dzwonami.
1663 – 1680 r. – ówczesny proboszcz Stanisław Skrzeszowski rozpoczynam gromadzenie materiałów budowlanych w celu poprawienia złego stan kościoła. Udaje się jedynie założyć nową posadzkę w kościele (z kostki kamiennej) oraz wznieść nową plebanię.
1688 r. – kolejny proboszcz, ks. Piskorski podwyższa ściany prezbiterium, dobudowuje murowaną zakrystię, kruchtę od strony południowej oraz otwartą kaplicę od wschodu (tzw. Ogrójcec). Dodatkowo położono nowe przekrycie wnętrza z krzyżowym sklepienie w prezbiterium oraz nowy dach o jednej kalenicy z wieloboczną wieżyczką nad szczytem zachodnim (czyli istniejącą do dzisiaj wieżę, której dolne partie wbudowane są częściowo w nawę).
1728 r. – proboszczem parafii jest ks. Stanisław Tomaszewskim, a wikarym ks. Ludwik Sieradzki. Kościół ma pięć okien i jedno wejście przez kruchtę murowaną, zwaną Babińcem. Dach kościoła pokrywa gont.
1776 r. – przebudowa kościoła, a także wzniesienie murowanej, wolno stojącej dzwonnicy.
1782 r. – kościół opisany jako nawa z kaplicą pod wieżą i wejściem od południa.
1786 r. – 3 grudnia uszkodzenie kościoła na skutek trzęsienia ziemi. Proboszczem jest ks. Jerzy Dobrzański, a wikarym ks. Jan Jarzębiński. Prawo patronatu należy do dziedzica wsi Kowala.
1844 – 1845 r. – Żębocin znajduje się wśród opisów zabytków z ziemi Małopolskiej.
1848 r. – kościół opisany jako sklepiony w prezbiterium, a nakryty stropem. W zwieńczeniu wieży znajduje się sygnaturka.
XIX w. – całościowe otynkowanie kościoła.
1930 r. – podwyższenie górnej kondygnacji wieży i nakrycie jej nowym hełmem.
1989 r. – wzmocnienie fundamentów kościoła przez wymianę zniszczonych elementów kamiennych i założenie opaski cementowej. Usunięcie drewnianego stropu kościoła, a zastąpienie go płytą żelbetonową; założenie nowego dachu kościoła.
1998 r. – obłożenie wnętrza kruchty płytami gipsowymi, wykonanie malowideł figuralnych na freskach sklepienia prezbiterium.
2016 r. – restauracja barokowej tęczy (krzyża z XVIII w. wiszącego nad prezbiterium)
2017 – 2019 r. – prace interwencyjno – ratunkowe przy murze okalającym kościół
2018 r. – wykonanie nowych tynków wewnątrz kościoła
2020 r. – konserwacja barokowej dzwonnicy przy kościele
2021 r. – kompleksowa odnowa zachodniej elewacji kościoła
